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宏基因組學(xué)測序的主要瓶頸是快速有效的DNA提取。我們對多種樣本類型采用了三種磁珠提取法平臺(KingFisher, epMotion, and Tecan)和一種標(biāo)準(zhǔn)化離心柱法平臺進行了DNA提取效率的比較實驗，這些樣本包括糞便、口腔、皮膚、土壤和水。美國科學(xué)家Clarisse Marotz等提取重復(fù)樣本并且用16S rRNA基因擴增平行測序來評估提取差異和DNA質(zhì)量。數(shù)據(jù)證明，與樣本的多樣性相比，提取方法對測序結(jié)果的任何影響很小。然而，KingFisher平臺可以在zui短的時間內(nèi)產(chǎn)生zui大量的高質(zhì)量讀長序列。基于這些結(jié)果，我們在沒有丟失細菌分類或豐度信息的情況下顯著減少了樣本的處理時間。
原文：
DNA extraction for streamlined metagenomics of diverse environmental samples. Clarisse Marotz, Amnon Amir, Greg Humphrey. BioTechniques 62:290-293 (June 2017).
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